因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言“在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像”。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。

一处位于乡下的宁静村庄，发生家畜陆续诡异死亡的奇妙案件。为了解决这起案件，一位穿着一身显眼服装，名叫「隐神」的男子，被从东京找来到此地。就在调查途中，男子与一名居住村内，被旁人叫「泥田坊」，有着神秘气息的少年相遇。一则波澜万丈的怪物物语，就此揭开了序幕…

自从妈妈进行化疗开始，少年康纳就每天晚上都做噩梦。梦中总是漆黑阴暗的天气，狂风大作，尖叫声和无论怎么努力都不能紧握的双手让他倍受折磨。他总是做着同样内容的噩梦，直到有一天家里出现了一个不速之客，拥有古老气息的恶魔对康纳说它是由他召唤而来，它要以三个故事交换一个康纳自己真实的故事。康纳并不害怕恶魔，因为他在面对的事——最心爱的妈妈正一步步走向死亡，这是更加恐怖的事情。